2020年 05月 11日
PCR検査に関する「デマ」を一刀両断:最新の医学論文より
・ジャーナル・オブ・ジ・アメリカン・メディカル・アソシエーション
上記Wikipediaの説明によれば、「同誌は世界で最も広範に読まれている医学雑誌」とのことです。
このジャーナルのオンライン版で、2020年5月6日に以下の論文が発表されました。
・Interpreting Diagnostic Tests for SARS-CoV-2
Nandini Sethuraman, MD; Sundararaj Stanleyraj Jeremiah,
MD; Akihide Ryo, MD, PhD
JAMA. Published online May 6, 2020
doi:10.1001/jama.2020.8259
May 6, 2020
# いつも私を助けてくれているミラクルももさんが、この論文の
# 存在を教えてくれました。とても有り難いことです (^^)
上記のリンク先から、誰でも(無料登録をする必要がありますが)この論文をダウンロードすることができます。
英語のタイトルを説明的に翻訳すると、「新型コロナウイルスの診断的な検査を解釈する」というようなことになります。
2ページちょっとの短い論文ですが、新型コロナウイルスの検査方法として使われているRT-PCR法と抗体検査法のそれぞれについて、その特徴や関係性などについて、まとめられています。
ザッと読んでいて、素晴らしい文章に出会いました。そこには、新型コロナウイルスのPCR検査の方法について、私がこれまでいくつかのフェイスブック記事の中で強く主張してきたことそのものが書かれていたのです。
2つのポイントについて、原文とそれに対する私の日本語訳、ならびにそれに対する私の簡単な解説を、以下に示します(2つのポイントについては、便宜上、論文中に現れる順番とは逆の順番で示します)。
*
まず1つ目のポイントです。
『Specificity of most of the RT-PCR tests is 100% because the primer design is specific to the genome sequence of SARS-CoV-2. Occasional false-positive results may occur due to technical errors and reagent contamination』
『ほとんどのRT-PCR検査の特異性は100%です。これは、プライマーの設計がSARS-CoV-2(根本注:新型コロナウイルスのこと)のゲノムシーケンス(根本注:遺伝配列というようなこと)に特異的であるためです。技術的なエラーや試薬の汚染が原因で、時折、偽陽性の結果が生じることがあります』
よろしいでしょうか。このJAMAの論文の著者たちは、新型コロナウイルスのPCR検査の「特異性」はほぼ100%と言っているのです。
これは言い換えれば、(私は今までに口を酸っぱくして何度も訴えてきていることですが)「新型コロナウイルスのPCR検査は、新型コロナウイルスのみを特異的に検出するものであり、近縁の一般的な風邪コロナウイルスや、ましてやコロナウイルスでもないインフルエンザウイルス、あるいはウイルスでもない細菌のマイコプラズマやクラミジアなどなどは(ほぼ)検出されない」ということです。
もっと短くまとめれば、「新型コロナウイルスのPCR検査で陽性と出たのであれば、そこには(ほぼ)必ず新型コロナウイルスのRNAが存在している」ということです。
また、上記引用部分の2行目では、「偽陽性」について述べています。何を言っているかというと、仮に新型コロナウイルスが検体中に存在しないのに、検査で「陽性」になったとすると、その「原因」は「技術的なエラーや試薬の汚染」である、と言っているのです。
これもまた言い換えれば、「(新型コロナウイルスは存在しないのに)一般的な風邪コロナウイルスが検体に存在していたために陽性となった」などということは「(ほぼ)あり得ない」ということになります。
「技術的なエラーや試薬の汚染」というのは、具体的には、「検査技術が未熟であったために、感染者の検体から飛沫が飛んで、非感染者の検体に混じってしまった」とか、あるいは「検査試薬そのものが、感染者の検体によって汚染されてしまった」などということを指します。
いずれにしても、「PCR反応そのものが原因で、偽陽性が生じるということは(ほぼ)ない」と言っているわけです。
# 一応、断定を避けて、「ほぼ」という言葉を入れてみましたが、
# JAMAの論文では、『ほとんどのRT-PCR検査の特異性は100%』
# と記されており、これは、よっぽど設計が下手くそだった (^^;)
# 検査方法を例外として、それ以外の、ごく普通に注意深く設計
# された検査方法においては『特異性は100%』であった、という
# 意味になるかと思います。
*
2つ目のポイントです。
『False-negative results mainly occurred due to inappropriate timing of sample collection in relation to illness onset and deficiency in sampling technique, especially of nasopharyngeal swabs』
『偽陰性が生じた主な原因は、発症した時点との関係において検体採取のタイミングが適切ではなかったことと、検体を採取する技術―とりわけ鼻咽頭から綿棒によって検体を採取する技術-が未熟であったことの2つでした』
ここでは「偽陰性」について語っていますが、その理由として最初に挙げているのは、検体採取のタイミングが不適切であったということです。
この記事には、今回引用している論文に添付されていた図を、私の方で(勝手に)日本語化したものを添付しています。
# 以下の日本語化した図は、私から読者の皆様へのプレゼントです (^o^)
このジャーナルのオンライン版で、2020年5月6日に以下の論文が発表されました。
・Interpreting Diagnostic Tests for SARS-CoV-2
Nandini Sethuraman, MD; Sundararaj Stanleyraj Jeremiah,
MD; Akihide Ryo, MD, PhD
JAMA. Published online May 6, 2020
doi:10.1001/jama.2020.8259
May 6, 2020
# いつも私を助けてくれているミラクルももさんが、この論文の
# 存在を教えてくれました。とても有り難いことです (^^)
上記のリンク先から、誰でも(無料登録をする必要がありますが)この論文をダウンロードすることができます。
英語のタイトルを説明的に翻訳すると、「新型コロナウイルスの診断的な検査を解釈する」というようなことになります。
2ページちょっとの短い論文ですが、新型コロナウイルスの検査方法として使われているRT-PCR法と抗体検査法のそれぞれについて、その特徴や関係性などについて、まとめられています。
ザッと読んでいて、素晴らしい文章に出会いました。そこには、新型コロナウイルスのPCR検査の方法について、私がこれまでいくつかのフェイスブック記事の中で強く主張してきたことそのものが書かれていたのです。
2つのポイントについて、原文とそれに対する私の日本語訳、ならびにそれに対する私の簡単な解説を、以下に示します(2つのポイントについては、便宜上、論文中に現れる順番とは逆の順番で示します)。
*
まず1つ目のポイントです。
『Specificity of most of the RT-PCR tests is 100% because the primer design is specific to the genome sequence of SARS-CoV-2. Occasional false-positive results may occur due to technical errors and reagent contamination』
『ほとんどのRT-PCR検査の特異性は100%です。これは、プライマーの設計がSARS-CoV-2(根本注:新型コロナウイルスのこと)のゲノムシーケンス(根本注:遺伝配列というようなこと)に特異的であるためです。技術的なエラーや試薬の汚染が原因で、時折、偽陽性の結果が生じることがあります』
よろしいでしょうか。このJAMAの論文の著者たちは、新型コロナウイルスのPCR検査の「特異性」はほぼ100%と言っているのです。
これは言い換えれば、(私は今までに口を酸っぱくして何度も訴えてきていることですが)「新型コロナウイルスのPCR検査は、新型コロナウイルスのみを特異的に検出するものであり、近縁の一般的な風邪コロナウイルスや、ましてやコロナウイルスでもないインフルエンザウイルス、あるいはウイルスでもない細菌のマイコプラズマやクラミジアなどなどは(ほぼ)検出されない」ということです。
もっと短くまとめれば、「新型コロナウイルスのPCR検査で陽性と出たのであれば、そこには(ほぼ)必ず新型コロナウイルスのRNAが存在している」ということです。
また、上記引用部分の2行目では、「偽陽性」について述べています。何を言っているかというと、仮に新型コロナウイルスが検体中に存在しないのに、検査で「陽性」になったとすると、その「原因」は「技術的なエラーや試薬の汚染」である、と言っているのです。
これもまた言い換えれば、「(新型コロナウイルスは存在しないのに)一般的な風邪コロナウイルスが検体に存在していたために陽性となった」などということは「(ほぼ)あり得ない」ということになります。
「技術的なエラーや試薬の汚染」というのは、具体的には、「検査技術が未熟であったために、感染者の検体から飛沫が飛んで、非感染者の検体に混じってしまった」とか、あるいは「検査試薬そのものが、感染者の検体によって汚染されてしまった」などということを指します。
いずれにしても、「PCR反応そのものが原因で、偽陽性が生じるということは(ほぼ)ない」と言っているわけです。
# 一応、断定を避けて、「ほぼ」という言葉を入れてみましたが、
# JAMAの論文では、『ほとんどのRT-PCR検査の特異性は100%』
# と記されており、これは、よっぽど設計が下手くそだった (^^;)
# 検査方法を例外として、それ以外の、ごく普通に注意深く設計
# された検査方法においては『特異性は100%』であった、という
# 意味になるかと思います。
*
2つ目のポイントです。
『False-negative results mainly occurred due to inappropriate timing of sample collection in relation to illness onset and deficiency in sampling technique, especially of nasopharyngeal swabs』
『偽陰性が生じた主な原因は、発症した時点との関係において検体採取のタイミングが適切ではなかったことと、検体を採取する技術―とりわけ鼻咽頭から綿棒によって検体を採取する技術-が未熟であったことの2つでした』
ここでは「偽陰性」について語っていますが、その理由として最初に挙げているのは、検体採取のタイミングが不適切であったということです。
この記事には、今回引用している論文に添付されていた図を、私の方で(勝手に)日本語化したものを添付しています。
# 以下の日本語化した図は、私から読者の皆様へのプレゼントです (^o^)
著作権に関しては、引用元を示しているので、問題ないかと思いますが、万一問題があったら、英語の原図に差し替えますし、それも問題であったら、取り下げます (^0^)
いずれにしても、ここで添付した図は、発症のタイミングの前後で、PCR検査と抗体検査のそれぞれにおいて、どのような検査結果となるかをまとめたものです。
勿論、数多くの最新データをまとめて作られたものであり、この論文自体、5月6日に出版されたばかりで、まだ1週間も経っていないので、恐らくプロの方にとっても興味深いデータとなっているのではないでしょうか。
さて、「偽陰性」の話に戻りますと、「検体採取のタイミングが不適切であった」というのは何を指しているかというと、具体的に言えば、「発症の1週間前辺りのタイミングにおいては、たとえ被検者が新型コロナウイルスに感染していたとしても、PCR検査で検出するのは難しい」ということになるかと思います。
# 添付の図を見れば、発症前後の時間的な推移について、十分に
# ご理解いただけるのではないかと思います。
これは、たとえ被検者が新型コロナウイルスに感染していたとしても、ごく初期の段階においては、新型コロナウイルスが、PCR検査で検出するのに十分な数にまで増殖していないと考えれば、十分に納得できる状況です。
PCR検査は、極めて感度が高い検査方法ですが、それでも、その感度には限界があります。
# ここで言っている感度とは、一般的な意味であって、どれほど
# までに微量の目的物質を検出することができるか、その程度を
# 指しています。
「偽陰性」が生じる原因の2つ目は、検体採取の問題です。適切な検体-すなわち新型コロナウイルスが十分量含まれた検体-を採取するのは、それほど簡単ではないようです。
鼻の穴に長い綿棒のようなものを突っ込んで、鼻咽頭から検体をかき取るのが標準的な1つの方法ですが、想像しただけでも、難しそうな気がします。
幸いにして、最近では、唾液を検体とする方法が開発されてきているようです。そしてその感度は、鼻咽頭からの検体とほぼ変わらない、とも言われています。
唾液を検体とした場合のPCR検査に関する3つの論文の概要を記したサイトを以下に紹介します。iPS細胞の開発でノーベル賞を受賞した山中伸弥教授のサイトです。
・山中伸弥による新型コロナウイルス情報発信-感染様式と対策
このページのやや下の方に「唾液を使ったPCR検査の有効性 (3論文)」というセクションがあります。
また、日本国内でも、北海道大学血液内科の豊嶋崇徳教授によって、唾液を用いるPCR検査についての検証が進められているとのことです。
・唾液を使ったPCR検査が可能に 北大教授の画期的研究が進む - 4/28(火) 16:10配信
いずれにしても、ここで添付した図は、発症のタイミングの前後で、PCR検査と抗体検査のそれぞれにおいて、どのような検査結果となるかをまとめたものです。
勿論、数多くの最新データをまとめて作られたものであり、この論文自体、5月6日に出版されたばかりで、まだ1週間も経っていないので、恐らくプロの方にとっても興味深いデータとなっているのではないでしょうか。
さて、「偽陰性」の話に戻りますと、「検体採取のタイミングが不適切であった」というのは何を指しているかというと、具体的に言えば、「発症の1週間前辺りのタイミングにおいては、たとえ被検者が新型コロナウイルスに感染していたとしても、PCR検査で検出するのは難しい」ということになるかと思います。
# 添付の図を見れば、発症前後の時間的な推移について、十分に
# ご理解いただけるのではないかと思います。
これは、たとえ被検者が新型コロナウイルスに感染していたとしても、ごく初期の段階においては、新型コロナウイルスが、PCR検査で検出するのに十分な数にまで増殖していないと考えれば、十分に納得できる状況です。
PCR検査は、極めて感度が高い検査方法ですが、それでも、その感度には限界があります。
# ここで言っている感度とは、一般的な意味であって、どれほど
# までに微量の目的物質を検出することができるか、その程度を
# 指しています。
「偽陰性」が生じる原因の2つ目は、検体採取の問題です。適切な検体-すなわち新型コロナウイルスが十分量含まれた検体-を採取するのは、それほど簡単ではないようです。
鼻の穴に長い綿棒のようなものを突っ込んで、鼻咽頭から検体をかき取るのが標準的な1つの方法ですが、想像しただけでも、難しそうな気がします。
幸いにして、最近では、唾液を検体とする方法が開発されてきているようです。そしてその感度は、鼻咽頭からの検体とほぼ変わらない、とも言われています。
唾液を検体とした場合のPCR検査に関する3つの論文の概要を記したサイトを以下に紹介します。iPS細胞の開発でノーベル賞を受賞した山中伸弥教授のサイトです。
・山中伸弥による新型コロナウイルス情報発信-感染様式と対策
このページのやや下の方に「唾液を使ったPCR検査の有効性 (3論文)」というセクションがあります。
また、日本国内でも、北海道大学血液内科の豊嶋崇徳教授によって、唾液を用いるPCR検査についての検証が進められているとのことです。
・唾液を使ったPCR検査が可能に 北大教授の画期的研究が進む - 4/28(火) 16:10配信
唾液であれば、検体採取は容易であり、再現性が高いでしょう。その結果として、「偽陰性」が生じる割合を最小限に抑えることができるので、とても良いのではないかと思います。
さらに、唾液から検体を採取するのであれば、採取用の容器の中に、被検者自身で適当量の唾液を出してもらって、被検者自身で蓋をしてもらえば良いので、検査に関わる人が感染するリスクをも最小限に抑えることができます。
*****
さて、私自身、これまで新型コロナウイルスのPCR検査に関して、結構な数と量のフェイスブック記事を書いてきました。一応ここでリスト化しておきます。
4月16日 19:38
【武田邦彦さんのPCR検査に関する<大嘘>】
https://www.facebook.com/ynemoto1/posts/3326012434094105
4月17日 16:24
【チャンネル桜が流したPCR検査に関する<大嘘>】
https://www.facebook.com/ynemoto1/posts/3328419777186704
4月17日 21:39
【原著論文が示す新型コロナウイルスのPCR検査の特異性について】
https://www.facebook.com/ynemoto1/posts/3328978990464116
4月18日 8:47
【東京都がPCR検査の手順映像を公開】
https://www.facebook.com/ynemoto1/posts/3330434783651870
4月18日 22:16
【久住英二先生と武田邦彦先生、そして松田学さん】
https://www.facebook.com/ynemoto1/posts/3331898136838868
4月22日 7:22
【WHOがまとめている各国のPCR検査法における特異性】
https://www.facebook.com/ynemoto1/posts/3341211652574183
4月23日 10:10
【PCR検査における「感度」「特異度」「偽陽性」「偽陰性」について】
https://www.facebook.com/ynemoto1/posts/3344286668933348
4月30日 14:52
【アンドリュー・カウフマン氏の言説が非科学的な理由について (1)】
https://www.facebook.com/ynemoto1/posts/3364942113534470
5月2日 11:02
【アンドリュー・カウフマン氏の言説が非科学的な理由について (2)】
https://www.facebook.com/ynemoto1/posts/3370162559679092
5月5日 12:35
【英文の誤読から始まった新型コロナウイルスのPCR検査に関するデマ】
https://www.facebook.com/ynemoto1/posts/3378627988832549
5月5日 14:47
【リュック・ モンタニエ博士による「水の情報記憶」に関する実験】
https://www.facebook.com/ynemoto1/posts/3378849585477056
5月6日 19:16
【PCR検査に対して機転を利かせたタンザニアのマグフリ大統領】
https://www.facebook.com/ynemoto1/posts/3382145681814113
5月8日 21:44
【インフォデミックの実例 (^^;)】
https://www.facebook.com/ynemoto1/posts/3387965224565492
5月10日 1:28
【PCR検査に関する読者からの質問に対する回答】
https://www.facebook.com/ynemoto1/posts/3391242020904479
以上の記事は、私自身が過去において、RT-PCRや遺伝配列の解析などを実際に経験してきたことから、これらの技術に対するその時の個人的な体感を元にして、記したものです。
冒頭にも記しましたが、今回のJAMAの論文に書かれていたことが、私がこれらのフェイスブック記事で主張してきたことと、ピッタリと一致していましたので、私自身、意をとても強くした次第です。
*****
というわけで、もし未だに、「新型コロナウイルスのPCR検査では、新型コロナウイルスだけではなくて、一般の風邪コロナウイルスやインフルエンザウイルス、そして細菌のマイコプラズマやクラミジアも『陽性』となってしまうのだ」と主張してはばらない人がいたとしたら、その人は、今や、かなりの数と量の実験方法や実験結果、そして原著論文に対して、科学的な根拠をもって否定しなければなりません。
私自身が解説を加えてきたものだけでも、Creative Diagnostics社の新型コロナウイルスのPCR検査キットの「検査の原理」のところに書かれた説明、パスツール研究所と米国CDCのそれぞれが開発したPCR検査の方法、国立感染症研究所が公表している2つの論文とマニュアル、そして今回のJAMAの論文があります。
さらに、今回のJAMAの論文は、実際にはいくつかの原著論文をまとめて、解説記事としたものなので、私の「説」を否定したい人は、JAMAの論文が引用しているこれらの原著論文のそれぞれに対しても、科学的に否定する必要があります。
これらは、かなり大変な作業です。
しかしながら、いやしくも科学や医学に対して、誠実に関わってきている者であるのならば、その作業を行うべきでしょうし、それができないのであれば、非を認めて、速やかに自説を取り下げるべきでしょう。
by water-memory
| 2020-05-11 05:35
| PCR検査